Sekolah Tinggi Agama Islam Samora Pematangsiantar secara resmi berdiri pada tanggal 24 Pebruari 1995 berdasarkan Akta Notaris Mauliddin Sahati,SH, yang berkedudukan di kota Medan, Nomor 87 tanggal 28 Maret 2016. Sekolah Tinggi Agama Islam Samora Pematangsiantar memperoleh ijin pendirian dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan berdasarkan SK Nomor : 101 tahun 1995. Adapun yang melatar belakangi berdirinya STAI Samora di Kota Pematangsiantar adalah karena pendiri yaitu Bapak M.Nuh Nasution melihat peluang dimana kota Pematangsiantar penduduknya sebagain besar beragama Islam tetapi tidak memiliki perguruan tinggi khusus Islam dimana para orangtua mengantarkan anaknya keluar daerah untuk melanjutkan sekolah tingginya dengan biaya yang lebih besar sehingga didirikanlah STAI Samora yaitu perguruan tinggi agama Islam yang berkualitas dengan biaya terjangkau sehingga tidak memberatkan para orang tua yang memiliki semangat menyekolahkan anak-anaknya walaupun memiliki keterbatasan finansial. Pada awal berdirinya kampus STAI Samora Pematangsiantar belum memiliki gedung sendiri, sehingga dalam proses belajar mengajar dan aktifitas administrasi lainnya masih menyewa di Yayasan Pendidikan Islam yang beralamat di jln. Rajamin Purba. Dan pada tahun 2008 Alhamdulillah STAI Samora telah memiliki gedung sendiri untuk pelaksanaan proses belajar mengajar. Ketua Pertama STAI Samora Pematangsiantar adalah bapak Drs.H.M.Nuh Nasution, M.Pd. (Alm), Ketua kedua adalah Bapak Drs.Salamuddin Lubis,M.Pd., Ketua ketiga adalah Bapak Drs.ZulhamdiNasution,M.Pd., dan ketua periode sekarang adalah Bapak Imran Simanjuntak,MA. STAI Samora dari awal berdiri sampai dengan sekarang memiliki dua program studi yaitu Prodi Pendidikan Agama Islam dan Prodi Hukum Keluarga (AhwalSyakhshiyah). Prodi Hukum Keluarga pada awal berdiri mempunyai nama jurusan Peradilan Agama (Syari’ah), dan pada tahun 1999 di ubah nama menjadi Hukum Keluarga (Ahwal Syakhshiyah). Semua aktivitas proses pembelajaran dilaksanakan diKampus Jalan Kavaleri No 9 Kelurahan Bukit Sofa Kecamatan Siantar Sitalasari Kota Pematangsiantar.